Mit einer Länge von 560 Kilometern, einer Breite bis zu 80 Kilometern (durchschnittlich 50 Kilometern) und einer Tiefe von bis zu 704 Metern ist der Malawisee einer der größten Afrikanischen Großen Seen im Ostafrikanischen Grabenbruch.
Der See liegt im westlichen Teil des Ostafrikanischen Grabens (Great Rift Valley) und wird von dessen Wänden begrenzt; dazu gehört die Zentralafrikanische Schwelle, die an seiner Westseite angrenzt.